Les activités sexuelles entre personnes de même genre sont légales au Salvador depuis 1822. Les personnes LGBTQIA+ sont autorisées à servir ouvertement dans l'armée. Cependant, les couples de même genre ne bénéficient pas des mêmes protections juridiques que les couples mariés de genre opposé. En 2018, l’État a approuvé une nouvelle politique, permettant aux personnes LGBTQIA+ de porter plainte en cas de discrimination. Une loi anti-discrimination s'applique à l'emploi et à la fourniture de biens et de services. Les plaintes pour crimes, torture et traitements cruels, inhumains et dégradants à l'encontre des personnes LGBTQIA+ feront également l'objet d'une enquête approfondie de la part des forces de police. Néanmoins, les mariages entre personnes de même genre ne sont pas reconnus. Les individus peuvent adopter un enfant, mais pas les couples de même genre.
Le Salvador est actuellement considéré comme l'un des pays les plus homophobes d'Amérique latine. Les personnes LGBTQIA+ du Salvador sont confrontées à des taux élevés de violence et d'homicide, et le nombre de crimes haineux signalés est en augmentation. La discrimination à l'encontre des personnes LGBTQIA+ salvadoriennes reste très répandue. Elles sont victimes de persécutions, de torture, de traitements inhumains ou dégradants, d'un usage excessif de la force, d'arrestations illégales et arbitraires et d'autres formes d'abus. La marginalisation sociale et économique accroît encore le risque de violence et d'isolement. La violence exercée par les membres de la famille, comme le rejet et la discrimination par la famille, en particulier à l'égard des femmes transgenres, est également courante. Ces dernières ne trouvent pas d'autre emploi que le travail du sexe, qui présente un risque élevé de violence de la part des membres de gangs. La communauté LGBTQIA+ est toujours confrontée à un manque d'acceptation et à une forte discrimination de la part du reste de la population, en raison d'une culture religieuse et machiste. Dans la société salvadorienne, le fait d'être favorable aux LGBTQIA+ est considéré comme contraire à la nature, anti-religieux, anti-masculin et même diabolique.
Il existe plusieurs organisations actives à l’appui des communautés LGBTQIA+, dont les membres de l'ILGA sont énumérés ci-dessous :
Asociación Colectivo Alejandria El Salvador, Asociación Salvadorena de Derechos Humanos - Entre Amigos, Asociación Salvadoreña de Mujeres Transgénero, Transexuales y Travestis / DIKÉ LGBTI+, COMCAVIS TRANS, El SalvadorG, Espacio de Mujeres Lesbianas Salvadoreas por la diversidad - ESMULES, Jóvenes Voceras y Voceros por los Derechos Sexuales y Rerproductivos.
De nombreux Salvadoriens LGBTQIA+ fuient leur pays et demandent l'asile en Amérique du Nord, principalement aux États-Unis, ainsi qu’en Europe, notamment en Belgique, en raison du manque de protection contre la violence et la discrimination de la part des autorités et de la société salvadoriennes. Entre janvier 2007 et novembre 2017, plus de 1 200 Salvadoriens LGBTQIA+ ont demandé l'asile aux États-Unis par crainte d'être persécutés pour leur orientation sexuelle et/ou leur identité de genre.